Laboratoire de Yohan Bossé
Le laboratoire du Dr Bossé est situé au centre de recherche de l’« Institut universitaire de cardiologie et de pneumologie de Québec (IUCPQ) », Québec, Canada. Le centre de recherche est relié à l’un des meilleurs hôpitaux traitant les patients souffrant de maladies cardiovasculaires et respiratoires au Canada. L’équipe dispose d’un laboratoire génétique complet et de ressources informatiques.
Laboratoire de génétique
Le laboratoire de génétique est équipé de tous les instruments et du matériel requis pour effectuer des travaux de biologie moléculaire, de séquençage de 2e génération ainsi que de culture cellulaire. Le laboratoire est divisé en deux zones spécifiques, les zones Pré-PCR et Post-PCR.
Le laboratoire est équipé d’un système Chromium (10x Genomics) pour l’analyse génomique de cellules uniques, d’un séquenceur NextSeq 2000 (Illumina), de deux séquenceurs MiniSeq (Illumina) pour le séquençage de 2e génération et d’un séquenceur SeqStudio Genetic Analyzer (Applied Biosystems) pour le séquençage de type Sanger.
La zone Pré-PCR comprend :
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Des centrifugeuses réfrigérées de petite et grande taille
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Un homogénéisateur Minilys Bertin
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Un spectrophotomètre UV visible NanoDrop, ThermoFisher
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Un Bioanalyseur Agilent
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Un concentrateur sous vide (SpeedVac)
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Des réfrigérateurs à 4 degrés Celsius et congélateurs à -20 degrés Celsius
La zone Post-PCR comprend :
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Des centrifugeuses réfrigérées de petite et grande taille
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Des thermocycleurs dotés de zones à gradient de température
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Un système d’électrophorèse et d’analyse de protéines par immunotransfert
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Un système de photo-documentation
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Des réfrigérateurs à 4 degrés Celsius et congélateurs à -20 degrés Celsius
Les zones Pré et Post-PCR comprennent également :
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Plusieurs paillasses et équipements tels que des pipettes de type manuelles ou électroniques, à simples ou multicanaux
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Des agitateurs de type vortex
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Des mini-centrifugeuses
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Des agitateurs avec plaques chauffantes
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Des blocs chauffants
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Des bains d’eau
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Un pH-mètre
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Des balances
Une troisième zone du laboratoire est équipée de congélateurs à -80 Celsius pour le stockage d’échantillons cliniques dans des tubes à code à barre 2D (Matrix), identifiés à l’aide d’étiquettes cryogéniques et résistantes aux produits chimiques, et rangés dans des boîtes à 96 positions.
Les équipements communs sont partagés entre les laboratoires, incluant :
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Des systèmes de détection en temps réel pour PCR quantitatif CFX-96 et CFX-384 (Bio Rad)
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Un système PCR Droplet Digital QX200 (Bio Rad) permettant la quantification absolue
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Des lecteurs de micro-plaques (UV, visible et fluorescence)
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Un système de photo-documentation permettant la détection/quantification des protéines par immunotransfert
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Un microscope à fluorescence à contraste de phase inversé
Ressources informatiques
L’équipe des technologies de l’information de l’IUCPQ gère le réseau ainsi que tous les ordinateurs. L’accès au réseau est protégé par des codes d’identification uniques attribués à chaque membre du personnel et par plusieurs systèmes pare-feu. Les données de tous les utilisateurs sont protégées par plusieurs programmes de sauvegarde.
Tous les bureaux sont équipés de PC ou d’ordinateurs Macintosh récents. Des serveurs Linux sont également disponibles pour traiter les données génomiques de haut débit et effectuer des analyses génétiques de petites et grandes envergures.
Pour les analyses à plus grande échelle, le laboratoire du Dr Bossé dispose d’un compte permettant l’accès à un superordinateur (Calcul Canada). Cette infrastructure de calcul est située sur le campus de l’Université Laval et est connectée par fibres optiques au réseau de l’IUCPQ, assurant ainsi le transfert efficace des données. Le serveur contient 7680 cœurs de calcul, ce qui est amplement suffisant pour les projets qui sont actuellement effectués au laboratoire.
